Menurut cerita rakyat, zaman dahulu nama Desa Pulutan berawal dari kata "pulut" yang berarti lengket. Pada zaman itu, pamong desa rutin mengirimkan makanan kepada Sultan Ngayogyakarta Hadiningrat setiap acara rasulan. Makanan tersebut berupa nasi beserta lauk pauk. Nasi tersebut memiliki ciri khas pulen dan lengket. Oleh karena hal tersebut Sri Sultan menamai desa ini dengan nama Desa Pulutan.