Setelah Sultan Agung wafat, Amangkurat I yang tak lain adalah putranya dinobatkan sebagai penguasa Mataram. Ia kemudian memindahkan kekuasaannya ke Pleret. Keraton Mataram di Pleret bentuknya mirip dengan Keraton Kasultanan Yogyakarta Hadiningrat. Berbeda dengan petilasan Kraton Mataram di Kota Gede yang masih bisa dilacak keberadaannya. Namun Keraton Mataram di Pleret agak sulit di lacak keberadaannya.  Kraton Mataram di Pleret pada jaman Sunan Amangkurat I sekitar tahun 1646-1647 itu ditinggalkan karena ada ketika masa Trunojoyo merangsek peperangan ke Pleret, sehingga pada tahun 1647 Kraton Mataram Pleret mengalami kerusakan. Trunojoyo berasal dari Madura.