Pada waktu Sultan Hadiwijaya berkuasa di Pajang, Ki Ageng Pemanahan dilantik menjadi bupati di Mataram sebagai imbalan atas keberhasilannya membantu menumpas Aria Penangsang. Sutawijaya, putra Ki Ageng Pemanahan diambil anak angkat oleh Sultan Hadiwijaya. Setelah Ki Ageng Pemanahan wafat pada tahun 1575, Sutawijaya diangkat menjadi bupati di Mataram. Sutawijaya ternyata tidak puas menjadi bupati dan ingin menjadi raja yang menguasai seluruh Jawa. Oleh karena itu, Sutawijaya mulai memperkuat sistem pertahanan Mataram. Hal itu ternyata diketahui oleh Hadiwijaya sehingga ia mengirim pasukan untuk menyerang Mataram. Peperangan sengit terjadi pada tahun 1582. Prajurit Pajang menderita kekalahan. Keadaan Sultan Hadiwijaya sendiri pada saat itu sedang sakit. Beberapa waktu kemudian Sultan Hadiwijaya mangkat. Setelah itu, terjadilah perebutan kekuasaan di antara para bangsawan Pajang. Pangeran Pangiri (menantu Hadiwijaya yang menjabat Bupati Demak) datang menyerbu Pajang untuk merebut takhta.