Pada tanggal 5 September 1945, Sri Sultan HB IX mengeluarkan amanat yang isinya antara lain menyebutkan bahwa Negeri Ngayogyakarta Hadiningrat dan Negeri Paku Alaman yang keduanya bersifat kerajaan adalah daerah istimewa dari Negera Republik Indonesia. Selanjutnya dikatakan bahwa perhubungan antara kedua daerah itu dengan pusat Negara Republik Indonesia bersifat langsung dan kedua penguasanya bertanggung jawab secara langsung kepada Presiden RI.