Setelah kemerdekaan di Jakarta lahir akademi militer yang diprakarsai oleh Daan Mogot. Namun akademi itu tidak berlangsung lama sebabterjadi sengketa dengan pihak Jepang yang masih bersenjata langkap. Dalam sengketa tersebut banyak para kadet yang gugur termasuk Daan Mogot, dan aakhirnya akademi tersebut di Tutup. Akademi Militer Jogya kemudian dibuka. Letjen Urip Sumoharjo sebagai Kepala Staf Umum TKR memerintahkan untuk membentuk akademi militer. Mulai tanggal 31 Oktober 1945 pengumuman pembentukan akademi tersebut disebarkankan. Persyaratan yang boleh masuk ke akademi tersebut sangat longgar, yakni dari tamatan sekolah menengah pertama, dan batas usia yang dapat mendaftar adalah 25 tahun. Itu semua diambil agar banyak pemuda yang mendaftar. Pelajaran hari pertama dimulai tanggal 24 November 1945. Gedung sekolah memakai bangunan yang sebelumnya dipakai untuk Christelijke MULO Kotabaru (SMA Bopkri I) Yogyakarta dan asrama adalah di gedung Noormal School Kotabaru (SMP 5) Yogyakarta. Militer Akademi (penyebutan yang populer) walaupun dalam tata bahasa Indonesia penyebutan tersebut salah. Tahun 1957 namanya diubah menjadi Akademi Militer Nasional (AMN) berkedudukan di Magelang. Tahun 1966 diintegrasikan dalam Akademi Angkatan Bersenjata Republik Indonesia (AKABRI) dan kemudian menjadi Akademi Militer (AKMIL)pada tahun 1986. Pada masa perang kemerdekaan MA Jogja turut bergerilya.