Pada tanggal 29 Oktober 45 berdasarkan maklumat Wakil Presiden Nomor X, di Yogyakarta dibentuk badan pekerja KNID Yogyakarta dengan ketua Mohammad Saleh, wakil ketua S. Joyodiningrat dan Ki Bagus Hadikusumo yang dibantu 16 anggota lainnya. Dengan terbentuknya badan KNI Yogyakarta, maka pada tanggal 30 Oktober 1945 kedua pimpinan Yogyakarta Sri Sultan HB IX dan Sri Paku Alam VIII secara bersama-sama mengeluarkan amanat yang intinya sebagai berikut : 1) Kedua kepala daerah merupakan dwi tunggal; 2) Kedua pemerintah Daerah Istimewa Yogyakarta bersama-sama dengan rakyat yang diwakili oleh BP KNI wilayah Yogyakarta; 3) Menghilangkan dualisme dalam pemerintahan daerah istimewa Yogyakarta seperti tertera dalam konsiderannya.