Tahun 1947 Peristiwa Watubalik juga memiliki rentetan peristiwa yang terjadi di daerah Prambanan Piyungan pada masa Agresi Militer Belanda II. Peristiwa tersebut terjadi pada waktu pagi hari di Pedukuhan Jonggalan, Sembir Madurejo) dan Sumberharjo. Setelah peristiwa hancurnya panserwagen Belanda di Jalan Prambanan ? Piyungan, Belanda semakin intens melakukan serangan, pembakaran, dan patroli di daerah Prambanan bagian selatan. Pada masa itu daerah Prambanan ke Selatan berada di bawah koordinasi Letnan Pratelo. Pada suatu ketika beberapa orang pasukan RI melihat ada serombongan pasukan Belanda di Pedukuhan Jonggalan dan Sembir, mereka kemudian melapor kepada pos pertahanan RI di Pedukuhan Sawo yang pada saat itu di bawah komando ...Peristiwa tembakmenmbak antara pasukan RI dan pasukan Belanda tidak terelakkan, dan akhirnya pasukan Belanda terdesak sampai ke Watubalik (sebuah batu besar yang berada di tepi jurang yang cukup dalam). Belanda yang tidak mengetahui medan, berlindung di belakang batu besar tersebut, sementara pasukan RI menyerang dari arah depan dan memotong dari sisi atas (bukit) sehingga pasukan Belanda terjepit. Banyak pasukan Belanda yang meninggal karena jatuh ke jurang. Menurut keterangan dari masyarakat setempat, Belanda pada sore hari kembali datang ke lokasi untuk mengambil jenazah para korban peristiwa Watubalik. Saat serangan sebagian pasukan RI berjaga di luar Watubalik untuk menghadang pasukan bantuan yang diperkirakan datang dari arah Piyungan.