Setelah jatuhnya tangsi Jepang di Kotabaru, praktis kekuatan Jepang yang ada di Yogyakarta tinggal yang berada di Maguwo dan dipegang oleh Kaigun (Angkatan Laut) bagian udara. Tanggal 14 Oktober 1945 R.P. Soedarsono dari Polisi Istimewa berunding dengan pihak Jepang. Perundingan membawa hasil yakni penguasa Jepang di Maguwo setuju Polisi Istimewa menjaga daerah Maguwo dan mau menyerahkan senjatanya. Oleh karena itu sejak tanggal 17 Oktober 1945 Polisi Istimewa mulai mengangkut senjata-senjata yang ada di Maguwo, dan kemudian senjata-senjata itu dibawa kota. Senjata-senjata berat seperti senjata penangkis serangan udara dan bahan peledak atau granat disimpan di pracimosono sebuah bangunan di kompleks kraton, letaknya berada di sebelah barat pagelaran. Sedangkan senjata-senjata yang oleh Jepang disimpan di dalam kubu-kubu pertahanannya di daerah sekitar Maguwo untuk sementara tetap dijaga. Selanjutnya pasukan Jepang yang ada di Maguwo dipindahkan ke Sekolah Netral yang ada di Jalan Malioboro. Urusan yang berkaitan dengan tawanan yang berjumlah sekitar 1.300 orang menjadi tanggung jawab Oni Sastroatmodjo selaku Komandan Polisi Istimewa.