Dengan kembalinya pemerintahan Republik Indonesia ke Yogyakarta maka kemudian diutuslah tim yang terdiri dari Dr. J Leimena, Moh. Natsir dan Dr. A. Halim ke Bukittinggi untuk menghubungi dan mengadakan pendekatan dengan pemimpin Pemerintahan Darurat Republik Indonesia (PDRI), Syafruddin Prawiranegara. Pada tanggal 9 Juli 1949 rombongan PDRI pimpinan Mr. Syafruddin Prawiranegara pun tiba di Yogyakarta. Peristiwa penting tanggal 31 Juli 1949 penyerahan kembali mandat Pemerintahan Darurat Republik Indonesia kepada Presiden RI yang diwakili oleh Wakil Presiden/Perdana Menteri Moh. Hatta. Dengan demikian berakhirlah masa PDRI. Malam harinya diadakan sidang kabinet yang pertama dengan satu keputusan yaitu mengangkat Sri Sultan Hamengkubuwono IX sebagai Menteri Pertahanan dan Koordinator Keamanan Republik Indonesia.