Seiring dengan penarikan tentara Belanda dari Yogyakarta kemudian diikuti TNI masuk Kota Yogyakarta. Jalan yang dilakukan TNI dari selatan terdiri dari Batalyon I Brigade X Divisi III (Batalyon Sarjono), bersama itu masuk pula Komandan Brigade X/Komandan WK III Letkol Suharto. Pasukan itu kemudian menempati pos komando di kepatihan. Tahap III pasukan TNI yang masuk kota berada di bawah pimpinan Kapten Wiyogo yang semula bersiap-siap di Gejayan dan menuju pos komando di Rumah Sakit Pusat dilanjutkan tahap IV, pasukan tersebut menuju ke arah barat. Sedangkan kesatuan di bawah Mayor Sarjono bergerak ke utara ke arah HBS Jetis. Sedangkan Mobbrig Kepolisian dari arah barat menuju pos nya di Pathuk dan Gayam. Jumlah TNI yang masuk Kota Yogyakarta lebih kurang 1.800 orang; Mobbrig 1.100 orang ditambah kesatuan CPM. Diawali dengan pengibaran Merah Putih di Gedung Istana Presiden yang di kawal oleh 1 Seksi Pasukan, Menteri Negara Koordinator Keamanan Sultan HB IX, Letkol Suharto serta Mayor Sarjono melakukan upacara di Istana Presiden. Kemudian pada sore harinya di rumah-rumah penduduk pun telah berkibar Merah Putih. Setelah tentara Belanda meninggalkan kota Yogyakarta pada tanggal 29 Juni 1949, tugas pengamanan Daerah Istimewa Yogyakarta sepenuhnya menjadi tanggung jawab Komandan WK III Letkol Suharto. Sesuai dengan situasi dan kondisi yang baru ini, Komandan WK III tidak hanya bertanggung jawab kepada Gubernur Militer III/Divisi III, tetapi juga bertanggung jawab kepada Koordinator Keamanan Republik Indonesia, Sri Sultan Hamengkubuwono IX.